نسخه اول Pay Day  نیز دارای داستان خاصی نبود و این یکی از نکات ضعف بازی به شمار می رود که این امر در نسخه ی دوم نیز تکرار شده است . داستان در یک خط خلاصه می شود و آن این است که شما یکی از اعضای یک تیم چهار نفره ی سرقت و دزدی هستید و در هر مرحله ماموریت دارید تا به یک مکان دستبرد بزنید که در این راه باید کار های مختلفی را انجام دهید . سازندگان به راحتی می توانستند مسائل دیگری نظیر زندگی شخصی دزدان بازی را وارد داستان کنند تا بتوانند از این لحاظ داستانی نیز یک عنوان قابل قبول را ارایه دهند ولی آن ها به همان امر سرقت بسنده کرده اند . چهره ی دزدان بازی به وسیله ی یک نقاب دلقک مانند پوشیده شده است . احتمالا ایده ی این امر از فیلم تحسین شده ی شوالیه ی تاریکی می باشد که در آن و در ابتدای فیلم بدمن داستان یعنی جوکر به همراه گروهش به بانکی دستبرد می زنند و همه ی آن ها از نقاب دلقک استفاده می کنند . این ایده از هر کجا که گرفته شده باشد تا کنون خوب جواب داده است و سبب شده است تا این نقاب ها به نماد بازی تبدیل گردد .

در سال ۱۹۶۲ و در اوج دوران جنگ سرد ، The Bureau داستان منشا اولین برخورد سازمان مخفی XCOM را با یک دشمن مرموز و ویرانگر را نشان می دهد. در The Bureau شما کنترل یک نماینده ی ویژه (FBI) با نام ویلیام کارتر را در اختیار خواهید گرفت که هم باید تهاجم موجودات بیگانه را خنثی کند و هم بر وجود موجودات فرازمینی در زمین سرپوشی هم بگذارد. داستانی که گفته شده است به بررسی وقایع مهم آن زمان نیز خواهد پرداخت که از بین آن ها می توان به بحران های موشکی کوبا و تنش های فرهنگی که در دهه ی ۶۰ بوده اشاره کرد. ضمن این که بنا به گفته ی سازندگان گفتگو ها در بازی شاخه ی مهمی را در داستان تشکیل می دهند و این گفتگو در نحوه روایت داستان و پایان نیز نقش مهمی را خواهد داشت. در کتار ماموریت های اصلی داستان ، تیم سازنده از ماموریت های فرعی نیز غافل نشده است.

داستان بازی ادامه Saints Row The Third است.جایی که شما دیگر یک گانگستر یا یک هنر پیشه نیستید بلکه شما اکنون رئیس جمهور آمریکا هستید. آقای Scott Phillips کارگردان بازی در این باره می گوید:”شما گانگتسر و هنر پیشه بودید.خوب اکنون باید چی کار کنیم؟آیا همین قضیه را ادامه بدهیم.خیر،ما دنبال چیز جدید تری هستیم پس رفتیم سراغ تبدیل شدن به یک رئیس جمهور". البته این رئیس جمهوری زیاد برای شما خوش شانسی نمی آورد.زیرا سیاره شما در خطر است.تعدادی از فضایی ها به واشنگتن حمله می کنند و شما رو می دزدند و با خود به سیاره عجیبی به نام Dominatrix می برند که در آن سیاره شهر Steelport شبیه سازی شده است.اکنون نوبت شما است که حال این ادم فضایی ها را بگیرید و برای بازگشتن به دنیای واقعی تلاش کنید.